耕地的使用证,由农业部门办理.

林地的林权证由林业部门办理.

如河滩地的杨树,影响泄洪,还要经过洗水利部门.

不是事先已经说好的吗？不是写进相关合同里了吗？

那就按合同办事。

先找招商局，再找林业局，以及旗政府。相信会得到妥善解决的。